1994年,世界各地的武术家收到一份标有“KOF”的邀请书,邀请他们参加“THE KING OF FIGHTERS”大赛,以决出格斗之王。比赛以组队战形式。决赛场地在一艘航空母舰上,而航空母舰的主人就是邀请书的发出人卢卡儿。他的目的竟然是搜集强者的铜像。最终,来自日本的草雉京及其队友打败了卢卡儿,让他和他的野心一起沉到了海底。
1995年,格斗家们又收到了KOF邀请信。在这一届,草雉京家族的夙敌——八神庵也参加了比赛。最后,草雉京终于发现,幕后的黑手仍是卢卡儿,而他的目的已经有所改变。正当草雉京要打败卢卡儿的时候,一个神秘的敌人出现了,而他竟然是草雉京的父亲——草雉柴舟。原来,上届其比赛,草雉柴舟被卢卡儿打败后,与其一起沉入了海底。但没死的卢卡尔将他救起,并洗了脑。 草雉京非常愤怒,没有办法,只好将父亲打败。这时,卢卡儿突然爆发出惊人的力量。尽管卢卡儿被打败了,但这股力量来自何方呢?
尽管卢卡儿被消灭了,但96年的KOF大赛仍如期举行。由于在幕后支持的财团实力雄厚,所以比赛在世界各地举行。主角草雉京在赛前被一神秘人袭击,几乎无法参赛。为了找到这个神秘人物,草雉京又踏上征程。决赛之后,主办者神乐千鹤(真名八咫千鹤)亲自出场测试胜利者的实力,并揭示了这届比赛举办的真正原因:原来,1800年前被封印的大蛇一族(OROGHI)即将复活,他们将给人类带来毁灭性的灾难。上一届卢卡儿得到的惊人力量就是来自大蛇,而引导草雉与八神参赛的也是大蛇。最后,神乐千鹤要求胜利者帮助她再次封印大蛇一族。突然,大蛇八杰集的牧师暴风高尼兹出现,要阻止格斗家们的行动....
几家大企业看到格斗比赛如此受欢迎,就联合举办了97年KOF大赛。不出所料,大蛇八杰集剩下的几人也出现在了本届比赛。
1800年前,须佐之男为保护奇稻田姬,杀死了八歧大蛇。大蛇一族是拥有超能力的恐怖一族,以破坏为乐。结果被拥有三件神器(草雉剑、八尺之玉、八咫镜)的草雉、八尺、八咫家族封印。但后来,八尺琼为了得到大蛇之力,解放了大蛇八杰集,与其签下了“血之盟约”,并改姓八神。在比赛中,八杰集中的七枷社与克里斯收集了格斗家们的精神力,并掳去草雉京的女友雪(雪其实就是奇稻田姬转世)作为祭品,令大蛇复活了。世界处于极度恐怖之中。最后,为了打破命运安排的草雉京与八神庵齐心合力,不惜牺牲自己把大蛇再度封印。
自KOF94起,故事便围绕大蛇一族展开。但到97,大蛇彻底完蛋,连主角草雉京及其对头八神庵也一起壮烈牺牲。看来,故事难以为继。SNK倒也聪明,干脆不编什么故事,以“DREAM MATCH NEVER ENDS”为副标题开始了新一届大赛。由于没什么剧情,就索性来个SNK明星大乱斗,能登场的都登场,加起来角色共有50名之多。
大蛇一族的故事彻底结束了,但世纪末的KOF大赛仍然继续举行。这次,故事的主角换成了秘密组织N.E.S.T.S成员K' DASH。赛制也换成了四人制。赛会的主办者是N.E.S.T.S的骨干库里扎利德。他的目的是通过大赛收集格斗家们的战斗资料,以传输给他的战士——克隆草雉京。另人意外的是,大赛的胜利者K'竟然将库里扎利德打败,并且不愿再被N.E.S.T.S利用,与同伴MAXIMA一起逃走了。库里扎利德以前一直以为K'只不过是自己的克隆人,直到他倒下那一刻,他才意识到自己才是K'的复制品。
神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后,就像人间蒸发般,完全断绝了关于他们的消息……时间流逝,距离上次大会快将一年,这时候世界各地突然发生各种恐怖活动!究竟是什么组织策划?明察暗访,以希顿上校为首的军队终于调查到,一连串的恐怖活动,由K和Maxima两人所引起的……?!在希顿上校准备前往追查两人的同时,新一届《拳皇大赛》亦将开始……世界各地纷纷热闹起来,各地的格斗家们也为这个大会而雀跃!但叫人惊讶的是……在招待选手中,竟然存在K’和Maxima所组成的队伍?!究竟怎么一回事呢?为什么他们也会参加?至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织,亦“巧合”在这时候发动第二阶段计划?!是“偶然”还是“预谋”?!一切的谜题,都只是为大家带来一个讯息:新一届“THE KING OF FIGHTERS”即将开幕!
在THE KING OF FIGHTERS 2000大会举办过程中,一个城市被卫星兵器ZERO CANON摧毁了。 但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故.虽然“终止必然会出事的KOF大会"之声不少,但讽刺的是,这个有名的格斗大会却再次恢复人气.而且人门的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。但是,在这个世界性的大会中,一个惊人的事实逐渐被揭露开来, 大会参赛者的名单中竟然N.E.S.T.S. TEAM的出现!! 大会主办者的真正目的究竟是什么呢?而且今次的大会并没有保证惨剧不会再次发生…… THE KING OF FIGHTERS N.E.S.T.S.的第3篇。 一切都会在今次的大会后完结!!