[XBOX360游戏]质量效应剧情攻略

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第一章：Eden Prime
剧情开始于Alliance（地球联盟）的巡防舰Normandy号上。
由于Alliance举荐主角Shepard成为Spectre（不受法律管辖，可以自由在星际间旅行，直接向议会负责的特工），Council（银河议会）便派其中一位Spectre──Nihlus，来观察主角是否有成为Spectre的资格。
在与Anderson舰长和Nihlus对话时，突然收到一则紧急求救的讯息，地球的殖民星Eden Prime遭受攻击。敌方的目的，很可能是想夺取Eden Prime考古挖掘站所挖出的Beacon（信标），这是已消失的远古外星民族Prothean的科技产品。
Shepard带著部下Kaidan、Jenkins，与前来监督的Nihlus一起前往Eden Prime。
登陆之后，Nihlus说他不跟Shepard他们一起行动，自走自的路去了。
Shepard等人则赶往挖掘站，途中遭遇根本不应该出现在这儿的机械生命体geth攻击，Jenkins不幸牺牲，但没时间为他默哀了。
继续前往挖掘站的路上，遇到了被geth攻击的当地驻兵Ashley，拯救她后，Ashley加入队伍。
一行人最后来到挖掘站，那儿尸横遍野，但恐怖的事发生了！原本被刺桩杀死的尸体居然动了起来，并开始攻击Shepard等人。
消灭这群从恶灵古堡跑来客串的演员后，前行来到Spaceport，遇到因为开小差而逃过一劫的工人，他告诉我Nihlus被一个叫Saren的人暗算杀死了！而且这家伙看来就是攻击本地的主谋！工人建议我可以搭乘火车追赶他，速度比较快。
向前来到火车上，消灭挡路的geth，启动火车。
抵达终点站时，发现一群geth正在安装定时炸弹，想毁灭证据。
在时限内解决剩下的geth并拆除炸弹，来到车站另一侧，Beacon尚未被带走。
一行人驱前察看，Ashley（使用女角时则为Kaidan）忍不住靠得更近些，此时Beacon发出奇怪的引力将Ashley吸去。Shepard连忙将她拉开，自己却被Beacon的引力吸起，奇怪的幻象灌入Shepard脑内。
受这股力量影响，Shepard随即昏迷过去，醒来时发现自己已回到Normandy号。
与Anderson舰长交谈，告知看到幻象之事，他建议Shepard向议会报告。

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第二章：Citadel Station
与Anderson舰长和地球派驻Citadel的大使Udina对话后，两人先前往议会准备报告之事，并吩咐Shepard自行前往议会所在的Citadel Tower。
走路或利用Citadel各处的传送点来到Citadel Tower，进入后，在会议厅门口遇到两个吵架的Turian，其中一个很明显不喜欢Saren。与之交谈后得知他叫Garrus，是Citadel安全部门C-Sec的探员，和他吵架的是C-sec的局长Executro Pallin。Garrus正在调查Saren的不法情事。只是Saren是银河议会最优秀的Spectre，而他手上也没确实的证据，因此无力扳倒 Saren。Garrus祝Shepard好运后便行离去。
继续往前走，与Udina大使和Anderson舰长会合，一起向议会报告。不管Shepard如何解释，议会都不相信Saren已经背叛了他们，会议在不愉快的气氛下结束。
显然要说服议会，非有铁证不可。Shepard想起刚刚遇到探员Garrus，他可会知道什么。Anderson舰长建议我，想找Garrus，可以到 Wards区的Chora's Den找个名叫Harkin的家伙问问看。或者也可以到Financial District找位叫Barla Von的人，他是情报贩子Shadow Broker的手下。
小妹是选择找Harkin。一抵达Chora's Den，就在门外遭遇Saren派来的刺客，解决他们后入内找到Harkin，得知Garrus应该在Wards上层， Dr. Michel执业的Med Clinic；以及Anderson舰长与Saren曾有过节。
来到Med Clinic，发现Dr. Michel正被人威胁，帮助她解决这群人后，得知这些人是来逼问日前找她就医的Quarian女孩的行踪，这个Quarian很可能握有Saren背叛的证据，处境岌岌可危。她似乎相信Shadow Broker保护她，但Shadow Broker非常神秘，所以Dr. Michel介绍她去找Chora's Den的老板Fist。此时Garrus指出Fist已经背叛了Shadow Broker，而Shadow Broker则雇用了一个叫Wrex的赏金猎人去杀Fist。对话结束后，Garrus加入队伍。
到C-Sec Academy，遇见几个C-Sec探员在和Wrex吵架，向Wrex谈话，说明愿与他合作对付Fist，Wrex加入队伍。
一行人前往Chora's Den找Fist，整个酒馆里都是敌人，杀入办公室，打倒所有啰喽。Fist向Shepard求饶，供出他提供情报给Saren，现在Saren的刺客已经来杀Quarian女孩了，Shepard必须在时限内找到她。（如果带Wrex同行的话，对话结束后，Wrex会杀了Fist）
Quarian女孩就在走出Chora's Den大门口不远的小路（就在传送到Chora's Den时，接收点右边楼梯上方的小道上），刺客已经在那儿，幸好Shepard即时到达！解决所有刺客后，Shepard带Quarian女孩向 Udina大使和Anderson舰长说明她的发现。Quarian女孩自介名叫Tali，目前正在进行该族成年后必须要做的朝圣，在旅行途中无意接收到一段音讯，是Saren和某位不知名女性的对话，内容清楚证明Saren就是攻击Eden Prime的凶手！此外还得知Saren正在寻找一个叫Conduit（导管）的物品，其目的似乎想让某种叫Reaper的生物回归。众人皆一头雾水，不知Reaper是什么。Tali解释，Reaper是某种高度发展的机械生命体，传说他们50,000年前曾与Prothean发生战争，消灭了 Prothean──至少geth们是如此相信的。至于Conduit是什么，连Tali也不知道，Anderson舰长则猜测它可能是某种武器。对话结束后，Tali加入队伍。
在Udina大使与Anderson舰长的陪同下，Shepard向议会播放录音，议会终于相信Saren已成为叛徒，还认出另一个声音是 Asari族的贤者（Matriarch）Benezia。议会下令褫夺Saren的Spectre身分，并任命Shepard为Spectre，他是第一位得到这项殊荣的人类。
Shepard成为Spectre后，Udina大使说他有事要和Anderson舰长私下商量一下，他们先走一步，并吩咐Shepard等一下到Alliance军舰停靠的码头找他。
前往C-Sec Academy，搭乘中央的电梯来到码头，Udina大使与Anderson舰长告诉Shepard一个惊喜，Normandy号现在是他的了！
接著对话得知有两个星球都有关于Saren的线索：Feros和Noveria，或者Shepard也可以去找在Artemis Tau Cluster某处研究Prothean遗迹的Liara T'Soni博士。不管选哪个地方都没影响，因为这三个任务的顺序是可以随意选的。
Udina大使吩咐Shepard有任何疑问可向Anderson舰长询问后就走了。与Anderson舰长聊天，得知他原本也曾是Spectre 的人选，而派来观察他是否适任的Spectre就是Saren。一次任务中，Saren害死了许多人，却在报告书中把错误全推给Anderson舰长，Anderson舰长自此与Spectre资格绝缘。
了解这段过去，并询问一些资讯后，Shepard就登上了Normandy号，展开追捕Saren之旅。

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第三章：Find Liara T'Soni
搜寻Artemis Tau Cluster ，在Knossos System找到Therum这颗星著陆。开著Mako沿地图向前走（小心不要掉到岩浆里），会遇到三个在墙上的炮塔，击破之后，稍往后退，会发现一条通往类似营区之地的歧路。消灭在区内的敌人，进入货柜屋搜查，会找到铁卷门的开关（有两个货柜屋内都有开关，一个是通往刚才炮塔处的铁卷门，是死路；另一个则是通往下个区域的铁卷门）。开启后继续前行，来到一处狭小的石缝，看来是无法开车通过，只能下车步行。
打到沿途的敌人，来到挖掘站外面，发生boss战，天上的Geth战舰突然抛下一只Geth Armature，外加一堆敌人。
打倒后他们后进入挖掘站，在最底端发现困在力场中的Liara，对话得知她在挖掘过程中误触Prothean遗迹的保全装置，动弹不得，但也因此geth无法伤害她。Liara拜托Shepard想办法放她出去。
对话结束后，沿路走下楼梯，遭遇一批geth，清除之后找到采掘场的雷射装置。进行小游戏以启动雷射（难度不高，试试四个钮不同的排序组合即可破解），右手边出现通道。前行到底发现有个开关，启动后前方的墙会降下，不过Liara在Shepard他们背后XDrz
转身与Liara对话，会进入动画将她放下，并发现采掘场也快要崩塌，与Liara一同搭乘电梯到达上层，遇到Saren派来的蜥蜴人杀手。不管怎么对话他都不相信采掘场要垮了，话不投机，打了再说。打到所有敌人后自动回到船上，询问Liara关于Prothean文明的事。
Liara说Prothean不但整个种族神秘消失，而且在全族消失后，他们存在过的痕迹也被人刻意抹去。
对话间Shepard提到Reaper，Liara吃惊地询问Shepard如何得知这个名字，Shepard说是从beacon的幻象中知道的。 Liara说这样就合理了，因为beacon是Prothean用来传递讯息的媒介，只是beacon是专为Prothean而设计，因此人类无法充分理解资讯的内容。而Shepard竟然能承受它的资讯而无事，可见Shepard的心灵非常强壮。接著解释道，她在研究Prothean的过程中，发现 Prothean并不是银河中唯一一支消失的高文明种族，还有许多在Prothean之前的文明也消失了。因此她的推测，每隔一定周期，就会出现一批人，将高度发展的文明摧毁。这群人就是Reaper。
说著说著，Liara显得身体不适，向Shepard告退，会议解散。
自此到第六章为止，每次任务会议结束后都可选择是否要向议会报告。

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第四章：Feros
来到正受geth攻击的地球殖民星Feros，下船后与士兵谈话，他告知此地领袖Fai Dan正等著Shepard。话才说到一半，一群geth出现将士兵杀死。一路清除敌人到地图底端，与Fai Dan对话，得知此地的Tower正遭受geth攻击。清除Tower里的geth，接著回去报告Fai Dan，他拜托Shepard前往ExoGeni公司本部（ExoGeni HQ）查看，geth似乎就是从那里过来的。（在此地逛逛可以接到一些支线任务。）
朝ExoGeni HQ前进，中途地道中有个Camp，下车进去和人们谈话，Camp的领袖Jeong看到Shepard来到，意外地没有显得很高兴，而且似乎有些焦躁。
Jeong旁边的女性态度则温和许多，并拜托Shepard寻找她失踪的女儿Lizbeth。
之后再度上车前进，来到ExoGeni HQ。进入后会发现一处缺口可以跳进去，在那里遇到一名女子，正是失踪的Lizbeth。她说大家都在逃命时，她忙著备份资料，结果来不及离开，就被困在这儿了。谈话中得知geth之所以攻击Feros ，可能是为了一种远古生物Thorian，此外geth在这边竖了一些障壁，阻碍了出去的路，如果Shepard想要离开，必须先把障壁关掉才行。
接著Lizbeth将她的keycard给Shepard，可以用来打开大部分上锁的门。
谈话结束后遭遇大批Varren，消灭后从附近的楼梯上去，看到一个Krogan Commander正在对电脑VI（Virtual Iintelligence，虚拟人工智慧）的立体投影发脾气，因为他想获得资讯，VI却说他权限不足。消灭Krogan后与电脑对话，由身上有 Lizbeth的keycard，因此VI将Shepard误认为她。对话中了解到Thorian是活过好几个Cycle（传说Reaper每 50,000 年出现一次，称为一个Cycle）的特殊植物，可分泌物质污染、操控有机生命体，并得知ExoGeni公司以活人实验Thorian的污染机率。继续前进，找到geth电脑，玩小游戏（点旁边的电脑，让长条在两个箭头之间，接著启动中央的电脑）关掉障壁。
从原本有障壁处走出，遇到Lizbeth。Shepard指出Lizbeth对他说谎，Lizbeth解释道她曾劝公司不要做活体实验，但公司却威胁她敢阻止就要拿她当下一个。她在geth攻击ExoGeni时曾想发讯通知Zhu's Hope的人们，然因电力中断没有成功。并告知Shepard，Thorian的位置就在Zhu's Hope下方。
回到Camp，Lizbeth与母亲团圆，Jeong却对Shepard和Lizbeth抱持强烈敌意，争执不下只好杀了他了。
继续往Zhu's Hope走，遇到遭Thorian操纵的人民，可发狠杀掉他们；或将Anti-Thorian Gas的upgrade安装在手榴弹上，投掷后瓦斯可让他们昏迷。
一路回到Zhu's Hope，在路线底端启动机器移开前面的路障，此时Fai Dan出现，告知Shepard，Thorian控制了他，要他杀死Shepard，但他绝不愿屈服。语毕，Fai Dan便举枪自尽！
前行来到一处废墟，在深处看见庞大的Thorian，一行人吃惊不已。
此时Thorian吐出了一个Asari复制人，操控她与Shepard对话：Thorian是古老的植物，活过Pothrean的时代，见过Reaper毁灭世界，而且它决定要帮Reaper。既然如此，多说无益，只有消灭它了。
一边消灭Thorian吐出的Asari复制人，和被它操控的手下，一边打坏它遍布建筑物内的根。当所有的根都被打坏，Thorian也崩坏死去，一个 Asari女子现身，并对她自己重获自由惊奇不已。与她对话后得知，她是Benezia的手下，听命帮助Saren。Saren为了得到Thorian控制其他生物的物质，因此用她作为交换。但Saren拿到东西后就背叛了Thorian，派遣geth来摧毁它。Asari女人接著解释，由于 Thorian见证过Pothrean的时代，因此它知道Pothrean的思维模式。而她之前被困在Thorian体内，与Thorian精神交流，也了解了它。她并将所得知的一切，利用精神力传入Shepard脑中。
回到Normandy号上，与组员们开会，报告任务情形。Liara想到，既然Shepard已理解Pothrean的思维模式，而她是研究 Pothrean的学者，若在她的帮助下重新检视beacon传来的幻象，应该可以知道个中的讯息。在她帮助下，两人拼凑出Eden Prime的beacon所传来的完整的影像，但可惜这个beacon受损太过严重，讯息还是暧昧不明。

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第五章：Noveria
来到Noveria星，一下机不久就因配枪问题和当地警备队闹得很不愉快。在行政官秘书Gianna的调停下，Shepard一行人获准带枪进入码头区。入境经过柜台时，得知日前Benezia来到此地，而且目前很可能正在Noveria的Peak 15地区。在柜台， Gianna并提醒Shepard，若要驾驶Mako离开码头区搜查，必须先获得区域行政官Anoleis的批准。搭电梯下楼后，走到最西北角的行政官办公室与Anoleis洽谈，他拒绝发给车库的通行证，双方不欢而散。离开办公室时，Gianna叫住Shepard，告诉他Anoleis有点问题，码头区的商人都对他非常不满，并建议Shepard可以去hotel bar找位叫Lorik Qui'in的人谈谈看。Lorik Qui'in说他手上有Anoleis贪污索贿的证据，但证据在他所工作的Synthetic Interests office，那儿日前被Anoleis强制关闭了。如果Shepard帮忙偷出资料，他愿意用车库通行证作为报答。
（这边需注意选择I’ll figure something out或They’re crooked才会答应帮忙Lorik Qui'in。答应帮忙后，才能搭乘进入Synthetic Interests office的电梯）
找到Synthetic Interests office的位置，在门口遇到两名警卫，其中一人警告Shepard他不该在这儿。Shepard反诘，我知道你们收了Anoleis钱，所以关闭 Synthetic Interests office。警卫回答，既然大家都不该来这儿，那么就彼此假装没看到好了。虽然打发了这批警卫，但往前走没几步，驻守的警卫就出现了，随即爆发枪战。之前因为佩枪问题而与Shepard吵架的Kiara Sterling也赶来，将她们全都歼灭。进入办公室取得证据，正要回去找Lorik Qui'in时，Gianna突然现身，要Shepard等一下到酒吧找她详谈。
来到酒吧找Gianna，她解释说自己是公司的内部调查员，已经在Anoleis身边卧底六个月了，希望Shepard能帮她说服Lorik Qui'in做证揭发Anoleis的恶行。到酒吧说服Lorik Qui'in后，回行政官办公室，这边可以选择与Anoleis谈话，向他告发卧底的事；或是告诉Gianna，Lorik Qui'in愿意做证。小妹是选后者，接下来便出现Gianna逮捕Anoleis的动画，大快人心！现在可以到garage，驾驶Mako前往Peak 15。
一路杀到Peak 15，这里有个研究站，进入后发现该区似乎已遭废弃。找到电梯上楼来到Security area，遭遇geth和之前没遇过的外星怪虫Rachni，一路打打杀杀进入控制室，发现前方无法前行，但有个通往Memory Core的圆型控制台可以搭乘。下去破解小游戏（按X、Y、B三个键推砖块，让Y标志下方的砖块全部发光。按A则可跳出）或花费100个omni-gel 启动核心，出现了VI Mira，与她对话后知道Benezia已经离开这里，去了Rift Station，但这里的主反应炉已经被关掉了，所以无法搭乘电车。于是Shepard决定先去修复反应炉。搭乘Mira对面的电梯来到楼上，消灭在该区的敌人，找到燃料供应机（Landline）将开端关打开。接著下楼，从Mira所在的房间出去，再走左边那扇门，来到主反应炉所在的房间，消灭敌人后启动开关，动力恢复。接著回到刚才的房间，走反应炉室对面那扇门，来到通往站台的区域。在这里发现由于往站台路上上有Rachni，所以通路被Mira封锁，可以选择修复消毒装置消灭他们，或直接命令Mira开门，自己解决这些Rachni。
消灭Rachni后搭电车来到Rift Station，坐电梯下楼，走到Science Station，在那儿遇到Captain Ventralis和他的队员，他解释他们在此防堵Rachni伤害一般研究人员。谈话中帮他们击退Rachni，Captain Ventralis赏识Shepard的英勇，给Shepard他的access card，现在可以在研究站里通行了。他并告诉Shepard，Benezia在Hot Lab。前往Hot Labs，与坐在那边的Yaroslev Tartakovsky谈话，得知Rift Station内Rachni的由来，以及可以启动净化程序（the purge），用辐射线消灭他们。。
Rift Station的剧情有不同玩法，Hot Lab的剧情可以放到最后再解（不解也无妨，但结束本关搭电车离开时，会有系统提示你尚未消灭本地的Rachni）。
玩家可以先到幸存者所在的区域，有位医生会给制作生化武器解药的任务（解药制作小游戏的玩法为按A启动制药，当上方长条图落于两个三角形中央时，按下萤幕指示的按键，进行三次左右便可调出解药。调制中按B则为跳出取消）；也能和其余幸存者对话，了解更多Peak 15的现况。
其他还有两种进入secure lab的方法，强行开锁，与警卫敌对；或完成医生解药任务，从维护通道溜进去。
到旁边的房间与Mira对话，得知启动净化程序需要密码，而密码在Yaroslev Tartakovsky身上。向Yaroslev Tartakovsky询问密码（How do I initiate the purge?），他正要说出密码时，一个Rachni刺杀了他。打倒Rachni后，在尸体上搜出密码，向Mira下达净化命令，在两分钟内消灭出现的 Rachni，搭电梯离开这儿。
现在事情很明白了：Captain Ventralis说谎！Benezia根本不在Hot Lab，但她应该还在Rift Station的某处，Shepard一定要找到她！搜查的路上，Shepard遇到Captain Ventralis。他告诉Shepard，Benezia下令要他杀了Shepard。消灭Captain Ventralis等人，以及一路上的敌人，来到Secure Labs，Benezia已经在那儿恭候大驾了。进入第一阶段Boss战！打倒她所召唤来的几批Asari commando和Geth warrior，注意这阶段中Benezia本身是无法打倒的，闪躲她的攻击消灭小兵吧。当Benezia的Power Level降低到一定程度后，她会突然清醒，向Shepard说明她遭到了Saren的操控──正确说是Saren的船Sovereign。从她上船开始，她就慢慢被洗脑，变得六亲不认，只听Saren的命令。虽然现在她短暂清醒了，但她很快地就又会被夺走意志……言及此，Sovereign的力量又控制了她，第二阶段Boss战开始，要先打小兵或先打Benezia都可以。战斗后进入对话，得知Saren正前往Mu Relay，接著可选择要杀死Benezia或让她自我了断。
Benezia死后，靠近查看关著Rachni Queen的玻璃箱，一个倒地的Asari commando突然遭到操控。Rachni Queen以这个方式对Shepard说，她的族人很久以前被消灭了，现在她们的后代又被改造，被迫与人类和外星人战斗。她恳求Shepard消灭这些不幸被改造的Rachni，并保证她与其他Rachni们将不会再危害银河。Rachni Queen询问Shepard会让她走，还是杀死她，让Rachni再度消失于宇宙？作出决定后，回到上层搭乘电车，自动传送回Normandy号。

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第六章：Vermire
当前面三个任务完成两个后，接获讯息得知日前曾有支salarian 调查队在Vermire发现有关Saren的线索，详细内容不清楚，建议Shepard到那儿调查看看。
到达Vermire后开著Mako一路向前杀，关掉分布在Vermire的AA tower的动力。小心有的路旁有断崖（深色水域），不要掉下去了。
来到salarian调查队的营区与Kirrahe队长会合，他告诉Shepard，他们发现Saren正在培育一支krogan大军，必须赶快阻止才行。
这消息令Wrex非常震惊，因为krogan族在议会下令salarian对他们使用生化武器genophage后，婴儿的夭折率非常高，正日渐走向灭绝。如今Saren手上有解药，可以拯救Wrex的族人，Shepard却要和salarian一起摧毁它，这令Wrex非常不能谅解。Shepard向 Wrex解释，Saren可不是要救krogan族，被Saren培育出的krogan们只是听令于他的奴隶，Wrex难道希望自己的族人变成那样吗？Wrex听了之后冷静下来，说道他相信Shepard，愿意继续观察看看。（如果威吓或魅力的数值不够，无法说服Wrex的话，就只好杀了他了。之前如果有完成Wrex个人找寻家传装甲任务的话，据说这里威吓或魅力要求会比较低）
与Kirrahe队长说话，他称赞Shepard居然能说服身为krogan的Wrex，并说salarian 调查队要派一支小队从后方突击Saren的基地，而Shepard方面则负责到基地内安装核弹。此时需选择Ashley或Kaiden陪同突击队一起执行这个危险的任务，随玩家之前与他们相处的情形不同，对话也不同。
谈定之后，与salarian们兵分两路，杀入Saren的大本营。首要任务是找出那儿的地对空的火力装置（AA gun），并关掉它。
来到Saren的基地，在队友的帮忙下解开门锁进入。前行到Cell Block B，遇到一个被关起来的salarian，他说Saren利用牢房中的装置对他洗脑，他快受不了了，哀求Shepard放他出去。决定是否要释放 salarian后，找路到楼上的实验室，遇见一个krogan博士和他的手下。消灭他们往前走，在Security Office遇到一个Asari女人，和她对话后，她会解锁后方的电梯。
搭乘电梯下楼，在那儿发现了一个beacon。这次由于Shepard的的思维模式已类似Prothean，所以看清了全部影像。虽然我看不出和之前的影像有何不同……
此时Sovereign的立体影像现身，原来它就是Reaper的一员！
Shepard询问Sovereign为何Reaper要消灭有机生命的种族，他说Reaper是机械生命体，他们每50,000 年就飞出黑暗空间来“收割”有机生命文明一次。他们渴求有机生命的“变数”，所以他们建造Citadel和Mass Relay（质量传送装置），让银河系的成员发现、利用，好令科技朝著Reaper需要的方向发展。Shepard说不管Reaper有多强，有机生命体绝不愿坐以待毙，一定会阻止你们。Sovereign闻言恼羞成怒地跑掉了，而且很没品地派了Saren和其他手下过来。此时面临抉择，要援助 Kaiden还是Ashley，不管选哪边都会遇到Saren。
Shepard质问Saren明知Reaper要杀死银河系内的所有成员，为何还要助纣为虐。Saren反驳道Reaper是机械生命体，思维模式也是机械，他相信只要顺从Reaper，证明自己的存在对Reaper有价值，就可以保全自己的性命。
Shepard驳斥说事情没那么简单，Saren被Sovereign洗脑了还不自知！Saren闻言信心动摇，但仍不愿弃暗投明，还说他是在拯救全宇宙，Shepard要是聪明人，也该乖乖听话，当Sovereign的仆人。接著他便攻击Shepard。将Saren的血量打到剩一定程度，就会触发剧情：正当Shepard被Saren攻击，危及性命之时，炸弹的开关被触动了，发出了警告声。Saren立即飞离，Shepard侥幸捡回一命。接著 Joker及时赶到，载走了Shepard和其他组员，炸弹爆炸，Kaiden或Ashley其中一人牺牲。
回到船上后，Liara指出Vermire发现的beacon很可能和Shepard在Eden Prime发现的相同。经由她的帮助，将两个beacon的讯息拼凑起来，终于得知完整资讯，了解了Conduit就在Ilos星，这也解释了为何 Saren要前往Mu Relay，因为Ilos正位于其中。

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第七章：重访Citadel
短到不能再短的一章。应该是给玩家最后一次回到“完好”的Citadel的机会，有支线任务还没接，或需要交差者请把握。（此时也会有一些新支线可以接，有兴趣不妨逛逛）
完成Vermire的任务后，银河议会召回Shepard，对他努力表示肯定，同时也开始动员舰队。但当Shepard要求派军队到Ilos，议会反对这个要求，因为Ilos所在的Terminus Systems，并不属于银河议会管辖，并驳回Shepard独自追击的提案。
接著议会指责Shepard对Reaper的看法只是幻想，世界上根本没有Reaper，这东西只有他自己的幻觉中看过，并责怪Shepard在Vermire使用核武的行为。
而Udina大使为了讨好银河议会，好使自己更有机会当上议会的人类代表，竟扣住了Normandy号。
Shepard对Udina的背叛愤怒不已，但也无可奈何。
离开议会后接获讯息，Anderson舰长在Wards区最上层的赌场Flux等Shepard，有事与他商量。
到达该地后，Anderson舰长表示他知道Normandy号遭扣留的事，Shepard大吐苦水。接著Anderson舰长说，他能让Shepard 再度搭乘Normandy号追捕Saren。Anderson舰长将入侵官方电脑，解除扣住Normandy号的固定装置，但这一定很快就会被发现。所以当Anderson舰长入侵电脑时，Shepard和组员都要在船上，趁扣锁一开立即启航。Shepard担心Anderson舰长会因此惹祸上身，Anderson舰长则道，为了拯救宇宙，他个人的利害微不足道。接著要Shepard选择入侵议会电脑或入侵Udina的电脑，差别只在过场动画不同。
前往码头，登上Normandy号后会自动引发剧情，飞向Ilos星。

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第八章：Ilos
开著Mako降落Ilos，只见Saren带著一票geth + krogan军队进入地底通道，并将铁甲门关上，显然是要另觅入口了。朝铁甲门所在的相反方向前进，消灭敌人后搭乘电梯到上一层，推进到该层底端，发现另一个电梯，但无法搭乘。稍为退回一点，发现有斜坡可上，走到最上层发现一台电脑，启动后出现一个模糊不清的投影，所说的讯息也模糊不清。同伴惊讶地发现 Shepard听得懂投影所说的话，因为投影说的是Prothean的语言，他们听不懂。不过资讯内容太模糊了，没什么帮助。此时原本无法通行的电梯已可搭乘，搭乘它回到原本的楼层，折回铁甲门处，门已经开了。
驾驶Mako向前进入通道，一直前进。走到一半时，突然前后都出现了障壁，无法行走。众人下车进入旁边墙上的小门，来到一台电脑前，一个自称名叫 Vigil的人工智慧投影现身。Shepard讶异Vigil竟然会说他们的语言，Vigil解释道，因为Shepard的思维已变成类似 Prothean的模式，因此当他一来到Ilos，Vigil就已藉由与其大脑的沟通，理解了他们的语言。接著指出，他知道银河公民们以Citadel为首都，因为Prothean也是这样。Citadel并不是Prothean所造的，而是在此之前很久便已存在，是Reaper的陷阱。不管 Citadel外面的防御多强也没用，因为Citadel本身即为一个未启动的Mass Relay，而Citadel内的Keeper则是Reaper的内应，50,000 年前，就是它们在接收到Reaper的讯息后，启动Mass Relay，使黑暗空间内的Reaper大军长驱直入。当Prothean发现这个陷阱时，已经太慢了。Reaper们攻入了Citadel，杀死了那里所有的人。而即使人们不在Citadel，或逃离了Citadel，这些人在哪里、往哪里去的资讯都在Citadel，因此可以说无处遁逃。
但虽然Prothean不知道Citadel的圈套，但在此之前，Prothean文明末期，他们已经研究出Mass Relay的制造方法，以及Keeper的秘密。所以他们就仿造了一台迷你的Mass Relay原型，即Conduit。不过由于是原型机的关系Conduit只能做单向旅行，即从Prothean的秘密研究基地Ilos，跳到 Citadel大厅里的那台Mass Relay纪念地标（一开始大家都以为那是装饰品）。
Protheans的这个Conduit计划，在50,000年前并没有被Reaper发现。就Vigil的说法是与Conduit计划内容在攻击发生时就被毁了，所以当所有的Prothean所属星系被逐一攻陷时，遥远的Ilos获得了保全。但在此处秘密研究基地的Prothean研究团队，也因此孤立无援。
为了用有限的资源保存最多的人口，Prothean研究团队决定进入冬眠状态来节省能源，渡过Reapers肆虐的年代，然后留下来人工智慧 Vigil来管理Ilos基地。但Reapers肆虐的年代超过他们的预期，所以Vigil只好逐一关闭非重要人员的冬眠舱，最后只留下核心的十几名科学家的冬眠舱维持运作。
等到Vigil判定Reapers“应该”已经回到黑暗空间后，它唤醒了还活存的Prothean科学家。他们醒来后评估目前情形，知道 Prothean已算是全灭了，只靠十几个人，不能回复整个族群，但他们知道他们对付Reapers还有最后两著棋。其一就是传送回Citadel，修改 Keeper与Citadel之间的讯号接收关系，让Keeper不再对看守者Reaper传送给Citadel的讯号有反应。这样一来，Reaper无法取得Citadel（Mass Relay）的控制权，就无法连通开启黑暗空间的方便之门，也无法召唤它的同伴。
其二就是幸存的Prothean科学家启动的原本散布银河各处的beacon，
试图告知其他幸存的Protheans（假设有的话），要他们要Ilos来了解如何破解Reaper的收割循环。幸存的Prothean科学家以为只有“ 有机体”才能了解这个信标的内容，所以即使发送出去被Reaper截收或发现，应该可能性很低，不料这一代的看守者Reaper在发现传送给 Citadel－Keeper的控制讯号无效后，很聪明又很有耐心吸纳为它做事的人（Saren不过是最近的一个）四处调查，终于让它发现Conduit计划的存在。
所以它要Saren用Conduit直接取得对Citadel（Mass Relay）的控制权，用以开启Dark Space的通道。
Shepard询问Vigil是否知道Reaper为什么要每隔一段时间就来毁灭有机生命体，Vigil说Reaper是另一个空间的异生物，难以理解，而且Reaper为何如此做不重要，重要的是现在他们又来摧毁我们了。Vigil指出，虽然当年Prothean没办法阻止Reaper，但 Shepard等人却还有机会拯救世界，要Shepard快赶到Conduit的所在地，利用它传送到Citadel，阻止Sovereign和 Saren。语毕Vigil关掉障壁，继续推进到通道底端，终于看到Conduit。同伴讶异这个远古科技竟然保存得这么好，但现在不是赞叹的时候了，在时限内边闪躲炮火边冲向前方平台，冲入Conduit后直接被传送到Citadel。
回到Citadel后，发现那儿已遭攻击，赶往议会所在的Citadel Tower，搭乘电梯前往会议厅。想不到中途电梯故障，将一行人困住。Shepard帅气地打破电梯的玻璃外壳，戴上面罩就直接跳出去了。接下来是单一路线，没有歧路；一路杀到底，会发现有艘Geth船舰在喷洒毒药，挡住了去路，而且无法攻击它。
该区的左半部有三个炮塔，开启炮塔后方的开关（有的可能需要一定的技能值，但至少会有一座是能开的），让炮塔来击坠它。继续血腥的旅程，赶到Citadel Tower的会议厅，Saren正在那儿操纵电脑，引导Sovereign进入Citadel。
Saren告诉Shepard，尽管Shepard在Vermire对他说的话，一度动摇他对Sovereign的信心，但现在他已不再怀疑。看来和 Saren是没话好谈了，为了拯救宇宙，就麻烦他纳命来吧！打倒Saren之后，他的尸体也掉到了楼下，Joker来讯，这里可选择要不要救议会。小妹选择要救，于是人类大军浩浩荡荡地出发了。Shepard并拜托队友下楼确认Saren是否真的死了。毫不意外地，原本死得不能再死的Saren又活啦！并且变成机械生命体的第二型态，最终boss果然都要来一下型态变化……在狭小的空间与Saren展开最后死斗，打倒他后，人类大军也击败了Sovereign和他的军队。议会感谢Shepard与人类英勇无私的奋战，并请Shepard推荐银河议会中的人类代表，可以选择推荐Udina大使还是Anderson舰长。议会采纳Shepard的推荐后，表示一切终于都结束了。Shepard则持相反的看法，这一切才只是个开始，Sovereign之后还有更多Reaper将入侵我们的宇宙，更艰苦的战役正等待著他们……